通常の転校ではなく、今までまったく別の環境だった人を途中の学年に入学させる場合である。例えば外国の学校からの入学、未就学の学齢児童の入学などである。就学猶予と就学免除を受けた人が小学校に入学するときは、第2学年にいきなり入学することも認められている。
公立学校への編入学に当たっては、年齢主義で運営されているケースが大多数であり、機械的にその年齢の最高学年に編入させるケースが多い。ただし日本語能力などの問題から、学籍は高い学年に置いたまま下の学年に通級して授業を受ける場合も見られる。
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市町村役所だけではなく、各学校も就学事務の役割を担っている。義務教育諸学校では出席簿を付けるなどして、就学の状況を明らかにしておく。また長期欠席などがあった場合にはそのことを教育委員会に報告する。これらの業務は校長の職責であるとされる。
また、全課程を修了した人の氏名を教委に報告しなければならない。全課程修了前に退学した人についても報告する（すぐに指定校への就学手続きを取るため）。
指導要録の作成も就学事務の一環である。